De Amankora Punakha-lodge wordt verbonden door een hangbrug over de Mo Chhu-rivier en is gehuisvest in een traditionele Bhutanese boerderij. De gastenverblijven beschikken over acht suites, identiek qua ontwerp met die van Amankora Paro. De comfortabel ingerichte kamers bieden uitzicht op een sinaasappelboomgaard en rijstterrassen.